Volgens de huidige wetgeving zijn de bevoegdheden inzake waterlopenbeheer verdeeld over de Vlaamse overheid (meerdere beheerders voor waterwegen, onbevaarbare waterlopen van 1ste categorie en grondwater), de provincies (waterlopen van tweede categorie), gemeenten (waterlopen van derde categorie) en polders en wateringen (waterlopen van tweede en derde categorie, en de niet geklasseerde waterlopen binnen hun ambtsgebied). Onderstaande tabel tracht dit bevattelijk weer te geven.
| Type waterloop | Lengte | Beheerder |
| Bevaarbaar | 1615 km | Vlaamse overheid (nv W&Z, nv De Scheepvaart) |
| Onbevaarbaar eerste categorie | 1252 km | Vlaamse overheid (IVA VMM) |
| Onbevaarbaar tweede categorie | 6460 km | Provincies (in ambtsgebied door polders of wateringen) |
| Onbevaarbaar derde categorie | 6656 km | Gemeenten (in ambtsgebied door polders of wateringen) |
De activiteiten die vallen onder het waterlopenbeheer vloeien voornamelijk voort uit de wet betreffende de onbevaarbare waterlopen (28 december 1967) en omvatten:
- Onderhoudswerken 2e categorie waterlopen
- Investeringswerken 2e categorie waterlopen
- Bijhouden atlas onbevaarbare waterlopen + Vlaamse hydrologische atlas
- Exotenbestrijding
- Rattenbestrijding
- Erosiebestrijding
- Machtigingen
- Wateradviezen (o.a. in kader van de watertoets)
- Ondersteuning en terugbetaling in het kader van ruilverkavelingen
- Participatie in land –en natuurinrichting
- Subsidiëring derden
Naast deze grotere activiteiten zijn er nog een aantal kleinere taken die hierin niet werden vermeld (handhaving, ondersteuning rampenplanning, etc.). Elk van deze taken worden door de vijf provincies behartigd. Afhankelijk van de aard van de regio kunnen bepaald aspecten meer aandacht krijgen dan andere. Zo komt erosiebestrijding in de provincie Antwerpen weinig aan bod omwille van de beperkte hoogteverschillen.
Standpunt interne staatshervorming D63
De grote uitdagingen enerzijds, en het streven naar een efficiënte overheid anderzijds, noodzaken een rationalisering van het waterbeleid. De provincies pleiten in kader van de interne staatshervorming dan ook voor een hertekening van het waterlopenbeheer. Doorbraak 63 ‘Waterbeleid en – beheer’ van het witboek geeft aan dat de inschaling van de onbevaarbare waterlopen moet herbekeken worden aan de hand van zowel beheergebonden als beleidsgerichte maatstaven. Volgens de provincies kan dit gerealiseerd worden door het beheer van de waterlopen te verdelen tussen het Vlaamse niveau en het provinciale niveau en dit volgens volgend stramien (cfr. sectordossier 2009):
- Vlaams Gewest: de waterwegen en de grotere waterlopen die een duidelijke relatie hebben de waterwegen worden idealiter beheerd door 1 Vlaamse beheerder.
- Provincies: alle onbevaarbare waterlopen die niet door het Vlaams Gewest worden beheerd (met in voorkomend geval polders en wateringen als uitvoeringsagent).
- Gemeenten: RWA-syteem en afwateringsgrachten
Met dit voorstel wordt het huidige aantal beheerders (NV Waterwegen en Zeekanaal, De Scheepvaart, VMM, provincies, polders, wateringen en gemeenten)gereduceerd van meer dan 400 tot enkele performante beheerders.
Efficiëntiewinst wordt hier niet alleen geboekt via het reduceren van het aantal beheerders maar zit vooral in het professionele beheer van langere, aaneengesloten stukken waterloop en het eenvoudiger opmaken en ook makkelijker kunnen realiseren van geïntegreerde visies op het stroomgebiedniveau.